Angelegt wurde die Sether Mühle um 1660, zunächst als Wassermühle ganz in der Nähe des heutigen Standorts. Sie lag am Grenzgraben zur Gemeinde Ganderkesee, der damals erheblich mehr Wasser führte als heute. Im 18. Jahrhundert ließen die Bauern aus Klein Henstedt, Schulenberg, Prinzhöfte und Adelheide hier ihr Korn mahlen.
Im Jahr 1851 wurde die nicht mehr funktionstüchtige Wassermühle durch eine reetgedeckte Windmühle, einen sogenannten „Erdholländer“, ersetzt. Eine Sandsteinplatte mit einer Inschrift an der Ostseite der Mühle erinnert noch an das Baudatum und nennt den Mühlenbauer sowie die Namen der Eheleute, die die Mühle errichten ließen.
Die Windmühle war noch bis zum Jahr 1932 in Betrieb. Bald nach der Stilllegung verlor sie ihre Flügel. Besitzer und Dorfgemeinschaft haben die Mühle vor dem Verfall bewahrt und sich für eine Restaurierung der Mühle eingesetzt.

Die Sether Mühle in Klein Henstedt ist Teil der Niedersächsischen Mühlenstraße.